Cały teren Pustyni Błędowskiej objęty jest trzema formami ochrony:

• obszar Natura 2000 PLH120014 „Pustynia Błędowska” (1963,9 ha, zgłoszony do Komisji Europejskiej przez Ministerstwo Środowiska w 2004 r. i zatwierdzony przez Komisję Europejską),

• Park Krajobrazowy Orlich Gniazd (12842 ha, utworzony w 1982 roku, powiększony w 2005 r.),

• użytek ekologiczny (684 ha, 1995 r.) – na terenie tej formy ochrony znajduje się część obszaru Natura 2000, na której zaplanowano działania aktywnej ochrony